同时，因为火药武器大量输入日本的关系，战争的形势和方法开始发生了巨大的改变，大量豪族都装备了火药武器，这些武器只要经过最基本的训练就可以使用，而且威力巨大，足以让多年训练的精锐武士价值大大降低——而脱胎于农民的足轻自然因为自己的数量，地位也就开始稳步提高。
后来成为战国第一人的丰臣秀吉，他的父亲是一名足轻，在织田信长的父亲织田信秀手下的军队服役。在一次作战中，他腿部受伤，不得不完全退出行伍。为此他失去了与织田家原有的联系，重新成为农民。而他的儿子秀吉则继续服役，而且获得织田信长的信任，一路升迁，最终成为了信长手下的一名大将。
而信长死后，秀吉通过进行一系列的战役和政治手段，最终成为了织田信长的真正继承人，终至统治全日本。但秀吉一朝达到目标，为了巩固自己的统治，便开始抽去那使他得以成功地往上爬到顶端的梯子，准备打散农民和军事的联系。在对全国的征服几近完成时，他发布了“刀狩令”，下令收缴全国农民的武器。这原本是一项十分大胆的举动，此前从未有统治者这样做过（之前豪强林立的时候，也没有人敢做这么自废武功的事情），但由于秀吉势力庞大，此举不光在他自己的领地，也在其他地方大体成功。农民就这样被强行从军事上慢慢割裂，重新回到了生产者和被剥削的地位。
等到了德川家康建立幕府，统治日本之后，他不仅没有扭转这种趋势的想法，反而更加推进了这项政策，各藩所受到的限制越来越多，财政也越来越窘迫。在德川幕府的规定下，一个十几万石左右的大名，所能够拥有的武装也仅仅只有两千多人而已——而且装备也日趋低劣，仅仅只能够维持它的领地内的治安。就连幕府自己，也开始以终身从事军职的旗本和他们的侍从作为幕府的核心力量。
于是，在抛弃了大规模武装之后，农民已经被排除出了军事领域，再加上日本多年来再也没有发生大的战乱，一两代人的时间，早已让他们忘却了当年的战火和训练，各藩就算现在想要让他们打仗，仓促之间又如何能够让他们成为军队的一份子？
各藩虽然心急火燎，但是他们只能紧急地召集他们的亲近武士和侍从，几天内凑出了几千人赶到了长崎，而且装备大多数不齐。并且因为幕府禁止各藩私自与别国交易武器的缘故，所以他们的火器也多年没有更换，大多老朽不堪，连能不能使用都成为了问题。
当发现各藩召集起来的人竟然是这样粗劣不堪时，内藤忠重和曾我古佑不知道是该为幕府限制各藩的政策之成功感到高兴，还是为自己现在形势之窘迫而苦恼，都有一些哭笑不得的感觉。
不过，纵使心里觉得悲观，该做的事情还是要做，他们两个只能一边按捺住心里的焦急和恐惧，一边认真地开始布防。作为他们的驻节地，长崎港自然是重中之重，他们把集结起来的军队大部分都放在了长崎，然后将剩下的一部分军队开始往北部移动，希望能够给福冈藩以一定的支援——历史上元军两次登陆的博多湾就在福冈藩的境内，所以内藤忠重等人当然不会放松那里的戒备，福冈藩本藩的军队也被他们留在了那里，准备这两个重点防御的地区有事时互相支援，
等到亲幕府的藩先期准备初步完成之后，内藤忠重也顾不得再考虑其他了，开始派使者通知九州的其他藩主，并且号召他们赶紧整备军队，在本乡守土，以防被大汉趁隙入侵，这个命令也同样惹起了一阵极大的骚动。
然而，令他们十分奇怪的是，虽然现在九州各藩都已经得到了通知，而且都在协助幕府官方进行搜捕，但是大汉商馆那些逃跑的官员们却还是一个都没有抓住，好像他们都已经神隐了一样。
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